異硫氰酸酯在天然產品和藥物活性化合物中是一種很重要的功能物質，是一類具有R-N＝C＝S結構通式的化合物，是一類重要的有機合成中問體，在選礦、醫(yī)藥、農藥和染料等方面有著廣泛應用。在醫(yī)藥上用于抗菌消炎及癌癥疾病的預防治療；在農業(yè)上可作為抗菌劑、殺蟲劑、除草劑等。此外，異硫氰酸酯也可參與多種有機反應，用于合成多種類型的含硫、氮、氧的化合物，特別是雜環(huán)化合物，并廣泛用于農藥、醫(yī)藥、染料等有機合成品的制備。也可以用于測定肽和蛋白質中氨基酸順序以及作為熒光素標記物。4-甲氧基芐基異硫氰酸酯為異硫氰酸酯類物質，可用作醫(yī)藥合成中間體。