現(xiàn)有研究DNA-蛋白相互作用的技術(shù)方案有多種，如酵母單雜交(Y1H)方法、ChIP-seq方法、凝膠遷移實驗(EMSA)和DNA pulldown方法。DNA pulldown方法是一種非常重要的蛋白質(zhì)-DNA相互作用的研究方法。該方法可以在同一個樣品中分離DNA-蛋白復(fù)合體。通常，是通過高親和性的標簽(如生物素)標記DNA，標簽的目的是固定DNA，通過瓊脂糖珠子或磁珠可以分離出生物素化的DNA，從而分離出細胞裂解液中的DNA-蛋白復(fù)合體。分離出的蛋白進行洗脫后可以通過Western Blot進行檢測，或通過質(zhì)譜進行篩選S1、磁珠預(yù)處理：使用BSA(牛血清白蛋白)和寡核苷酸隨機引物封閉鏈霉親和素標記的磁珠；S2、制備探針?磁珠復(fù)合物；S3、提取并預(yù)處理細胞核蛋白：向提取核蛋白樣品中加入脫氧核糖核酸酶孵育，再加入磁珠孵育，去除磁珠，收集上清；S4、pulldown；S5、蛋白樣品的收集。DNA pulldown是一種用于研究DNA與蛋白質(zhì)互作的技術(shù)。通常用來分析目標基因調(diào)控區(qū)域相結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子及其他調(diào)控蛋白。針對目標區(qū)域設(shè)計脫硫生物素標記的特異性DNA探針，并與細胞核提取物孵育。通過偶聯(lián)磁珠，經(jīng)洗脫，得到目的DNA探針-蛋白質(zhì)復(fù)合物。最后采用Western Blot或質(zhì)譜鑒定蛋白質(zhì)類型。