背景[1-7]
RIP試劑盒是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白質(zhì)結(jié)合的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過(guò)程的有力工具，可應(yīng)用于研究miRNA調(diào)節(jié)靶點(diǎn)、RNA與RBPs（RNA結(jié)合蛋白）的互作關(guān)系等。用抗體或表位標(biāo)記物捕獲細(xì)胞核內(nèi)或細(xì)胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA結(jié)合蛋白，防止非特異性的RNA的結(jié)合。IP技術(shù)（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀）主要是運(yùn)用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)，經(jīng)過(guò)分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行q-PCR驗(yàn)證或者測(cè)序分析。
RIP是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過(guò)程的有力工具，可以幫助我們發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點(diǎn)。免疫沉淀把RNA結(jié)合蛋白及其結(jié)合的RNA一起分離出來(lái)，RNA序列通過(guò)Microarray（RIP-chip），定量RT-PCR或高通量測(cè)序（RIP-Seq）方法來(lái)鑒定。RIP是一種基于抗體的技術(shù)，用于定位體內(nèi)的RNA-蛋白質(zhì)相互作用。
將所關(guān)注的RNA結(jié)合蛋白(RBP)與其結(jié)合的RNA一起進(jìn)行免疫沉淀，鑒定結(jié)合轉(zhuǎn)錄RNA（mRNA、非編碼RNA或病毒RNA）?？梢酝ㄟ^(guò)實(shí)時(shí)PCR、微陣列或測(cè)序檢測(cè)。最近，表觀遺傳學(xué)和RNA生物學(xué)領(lǐng)域?qū)Σ煌琑NA作用和功能的關(guān)注大大增加。據(jù)觀察，RNA的功能遠(yuǎn)不止轉(zhuǎn)錄和后續(xù)的翻譯。例如，RNA-蛋白質(zhì)相互作用能夠調(diào)控mRNA和非編碼RNA的功能。對(duì)RNA潛能的這一新認(rèn)識(shí)帶動(dòng)了新方法的發(fā)展，使研究人員能夠定位RNA-蛋白質(zhì)相互作用。RIP是一種研究單個(gè)蛋白質(zhì)和RNA分子間物理結(jié)合的實(shí)驗(yàn)方案。
實(shí)驗(yàn)步驟：
1.收集細(xì)胞（使用甲醛選擇性處理細(xì)胞，體內(nèi)交聯(lián)蛋白質(zhì)-RNA復(fù)合物）
2.分離細(xì)胞核，裂解細(xì)胞核沉淀
3.染色質(zhì)片段化
4.將所關(guān)注的RNA結(jié)合蛋白(RBP)和結(jié)合的RNA一起進(jìn)行免疫沉淀
5.洗去未結(jié)合的物質(zhì)
6.純化免疫沉淀后RBP上結(jié)合的RNA
7.將RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA，通過(guò)qPCR、微陣列或測(cè)序進(jìn)行分析
產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)：
1.方便，快速，易于操作。
2.提供優(yōu)化的磁珠，適于沉淀RNA-蛋白復(fù)合物。
3.高品質(zhì)，穩(wěn)定性好。
4.結(jié)果重復(fù)率高。
5.操作簡(jiǎn)單、耗時(shí)短、結(jié)果客觀準(zhǔn)確。
應(yīng)用[8]
RIP試劑盒可用于轉(zhuǎn)錄后調(diào)控研究、表觀遺傳調(diào)控以及炎癥研究、神經(jīng)生物學(xué)、新陳代謝、信號(hào)通路、免疫學(xué)研究。
例如在RIP、c-FLIP基因在肝癌中的表達(dá)意義及其在TRAIL誘導(dǎo)的肝癌細(xì)胞凋亡中作用研究中用免疫組化法對(duì)實(shí)驗(yàn)組及對(duì)照組中c-FLIP和RIP蛋白的表達(dá)情況進(jìn)行檢測(cè)。分析RIP和c-FLIP在肝癌組織中的表達(dá)與腫瘤的病理學(xué)分級(jí)和患者臨床分期及復(fù)發(fā)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移之間的相關(guān)性。
參考文獻(xiàn)
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[8]孫吉春.RIP、c-FLIP基因在肝癌中的表達(dá)意義及其在TRAIL誘導(dǎo)的肝癌細(xì)胞凋亡中的作用[D].中南大學(xué),2013.