背景[1-6]
一步法磁珠ChIP試劑盒是包含溶液和試劑一套完整實(shí)驗(yàn)組件，基于磁珠方法來成功執(zhí)行染色質(zhì)免疫沉淀，選擇性富集含有特異DNA序列的染色質(zhì)片斷，用于研究細(xì)胞內(nèi)DNA和蛋白質(zhì)的相互作用。這個(gè)試劑盒能與EpiSonic Multi-Functional Bioprocessor 1000聯(lián)用，或者作為一個(gè)單獨(dú)的試劑盒使用。一步法磁珠ChIP試劑盒包含成功執(zhí)行染色質(zhì)免疫沉淀所有必須試劑，能直接從哺乳動(dòng)物細(xì)胞或者組織中提取染色質(zhì)。這個(gè)試劑盒包含陽性對(duì)照抗體(RNA polymerase II)，陰性對(duì)照抗體無免疫性的IgG和GAPDH引物能用于展示試劑盒試劑和操作的功效。
在大多數(shù)哺乳動(dòng)物細(xì)胞發(fā)育過程中，RNA聚合酶II能富集于GAPDH基因啟動(dòng)子上，啟動(dòng)下游轉(zhuǎn)錄。染色質(zhì)只能被RNA聚合酶II沉淀，不能被無免疫性的IgG所沉淀，然后清洗，釋放，洗提DNA。洗提后的DNA能用于多種下游分析.基因表達(dá)的控制從根本上來說是蛋白-DNA的相互作用。這些相互作用可通過生化分析輕松地弄清，如凝膠阻滯分析。
但如果研究人員想知道基因組DNA的特定部分是否參與，通常會(huì)選擇染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（ChIP）。ChIP是在全基因組范圍內(nèi)識(shí)別DNA與蛋白質(zhì)相互作用的標(biāo)準(zhǔn)方法，最初用于組蛋白修飾研究，后來也用于轉(zhuǎn)錄因子。整個(gè)實(shí)驗(yàn)涉及到一系列蛋白質(zhì)組學(xué)和分子生物學(xué)的方法，包括交聯(lián)、細(xì)胞裂解、核酸剪切、基于抗體的免疫沉淀、DNA樣品的純化以及qPCR等分析。
一步法磁珠ChIP試劑盒特點(diǎn)：
1.快捷方便的ChIP方法，整個(gè)試驗(yàn)流程（從完整染色體到即用型DNA）不超過70分鐘，在染色質(zhì)剪切和免疫沉淀（"One-Step ChIP"）同時(shí)處理過程中，手工操作不超過15分鐘；
2.96微孔板形式讓實(shí)驗(yàn)更靈活：適用于手工操作單個(gè)實(shí)驗(yàn)或者高通量分析；
3.高富集率，陽性對(duì)照與陰性對(duì)照富集比>200，實(shí)驗(yàn)僅需極低細(xì)胞數(shù)目（每次ChiP實(shí)驗(yàn)最低僅需要5000個(gè)細(xì)胞）；
4.高重復(fù)性，預(yù)優(yōu)化ChIP反應(yīng)條件，聯(lián)用EpiSonic 1000，在密閉系統(tǒng)里數(shù)字化聲控反應(yīng)處理能保證試驗(yàn)流程的一致性；5、寬范圍兼容下游分析，例如：ChIP-PCR，ChIP-on-chip，and ChIP-seq.
一步法磁珠ChIP試劑盒實(shí)驗(yàn)步驟：
（1）甲醛交聯(lián)整個(gè)細(xì)胞系（組織），即將目標(biāo)蛋白與染色質(zhì)連結(jié)起來；
（2）分離基因組DNA，并用超聲波將其打斷成一定長度的小片段；
（3）添加與目標(biāo)蛋白質(zhì)特異的抗體，該抗體與目標(biāo)蛋白形成免疫沉淀免疫結(jié)合復(fù)合體；
（4）去交聯(lián)，純化DNA即得到染色質(zhì)免疫沉淀的DNA樣本，準(zhǔn)備測序；
（5）將準(zhǔn)備好的樣本進(jìn)行深度測序。
生物信息分析流程：
（1）將測序得到的短序列片段匹配到參考基因組序列上。
（2）有一部分短序列不能匹配到參考基因組上，有可能是未知的基因組序列；另一部分是能夠匹配到基因組上的短序列，通常要對(duì)這些短序列進(jìn)行覆蓋度計(jì)算。
（3）從匹配到基因組上的短序列中進(jìn)行富集區(qū)域的掃描。通常掃描到的富集區(qū)即被認(rèn)為是蛋白質(zhì)與DNA相互結(jié)合的區(qū)域（也有假陽性位點(diǎn)等的影響）。
（4）對(duì)掃描到的富集區(qū)做深度分析，包括基因，GO注釋，利用基因?yàn)g覽器進(jìn)行可視化瀏覽，研究與基因結(jié)構(gòu)的關(guān)系等。
應(yīng)用[7][8]
由于ChIP-Seq的數(shù)據(jù)是DNA測序的結(jié)果，為研究者提供了進(jìn)一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開研究：
（1）判斷DNA鏈的某一特定位置會(huì)出現(xiàn)何種組蛋白修飾；
（2）檢測RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精確定位；
（3）研究組蛋白共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系；
（4）CTCF轉(zhuǎn)錄因子研究。
參考文獻(xiàn)
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