吲哚乙酸（indole3-acetic acid,IAA）與色氨酸的化學結構類似，色氨酸是合成IAA的主要前體。如圖5-1所示，植物可以通過多條途徑將色氨酸轉變?yōu)镮AA，也可以通過非色氨酸依賴途徑合成IAA。這些途徑通常用關鍵的中間產物來命名，其中，吲哚-3-丙酮酸途徑是IAA生物合成的主要途徑：首先，色氨酸被色氨酸氨基轉移酶催化，經過脫氨反應生成吲哚-3-丙酮酸，然后吲哚-3-丙酮酸在黃素單加氧酶的催化作用下生成IAA。

IAA的代謝主要包括結合物的形成、水解及IAA的降解。游離的IAA是活性形式，但在植物體內絕大多數IAA是以結合物的形式存在，它可以和氨基酸、糖類、肌醇結合。結合態(tài)的IAA本身沒有活性，當它們被水解時，即釋放出游離態(tài)IAA。IAA濃度過高會對細胞產生毒害作用，它可以通過多種酶促反應而降解，光照下，IAA也可以被非酶促氧化。IAA的合成與代謝調節(jié)著植物組織內IAA的水平。