NA-Red (EB升級(jí)換代產(chǎn)品, 2000X)

信裕生物的NA-Red (Nucleic Acid Red，核酸紅)是一種EB (Ethidium bromide，溴化乙錠)的升級(jí)換代產(chǎn)品，用于凝膠中DNA、RNA等核酸的染色。NA-Red具有安全(致突變性極低且檢測(cè)不到顯著的細(xì)胞毒性)、靈敏度高、穩(wěn)定性好等優(yōu)點(diǎn)，凝膠中的核酸在使用本產(chǎn)品染色后用適當(dāng)紫外燈(300nm左右波長(zhǎng))檢測(cè)呈現(xiàn)紅色熒光，適用于原先使用EB為染料的凝膠成像系統(tǒng)。
NA-Red比EB和SYBR Green更安全。NA-Red在遠(yuǎn)高于其工作濃度范圍時(shí)均沒有細(xì)胞毒性及誘變性。艾姆斯氏試驗(yàn)(Ames test)結(jié)果表明，NA-Red的誘變性遠(yuǎn)小于EB。EB在多種致突變測(cè)試中呈現(xiàn)很強(qiáng)的誘變性，而NA-Red僅僅在濃度高達(dá)20微克/毫升時(shí)，并在S9代謝活化時(shí)有非常微弱的誘變性。通常NA-Red在凝膠中的工作濃度約為2微克/毫升，大大低于可導(dǎo)致誘變的濃度。NA-Red和信裕生物的另外一種安全型核酸染料NA-Green，由于它們特殊的化學(xué)結(jié)構(gòu)使其難以進(jìn)入細(xì)胞，從而大大降低甚至避免了染料的致突變性和細(xì)胞毒性。而SYBR Green染料可以穿透細(xì)胞膜，進(jìn)入活細(xì)胞并染色DNA，并且有報(bào)道SYBR Green可以強(qiáng)烈增強(qiáng)紫外線誘導(dǎo)的基因突變。
NA-Red檢測(cè)靈敏度高，對(duì)于小分子量核酸的染色效果好。NA-Red的檢測(cè)靈敏度比EB高8-10倍，在檢測(cè)低濃度、微量DNA或RNA方面比EB更佳，尤其對(duì)小分子量的DNA檢測(cè)非常靈敏。在使用浸泡染色法時(shí)，NA-Red和SYBR Gold的靈敏度相近甚至更高；與SYBR Gold不同的是，NA-Red預(yù)先配制在凝膠中也有很高的靈敏度。EB對(duì)于小分子量核酸的染色效果差，而NA-Red對(duì)于小分子量核酸的染色效果很好，便于觀察酶切或PCR獲得的小分子量核酸片段。推薦使用的NA-Red濃度，其檢測(cè)效果略優(yōu)于EB。如果希望獲得更高的染色靈敏度，可以適當(dāng)提高NA-Red的工作濃度。
NA-Red的穩(wěn)定性好，染色重復(fù)性高。含SYBR Green的凝膠核酸染色的重復(fù)性比較差，這通常是由于SYBR系列染料的穩(wěn)定性差導(dǎo)致的。而NA-Red的穩(wěn)定性很好，可以室溫長(zhǎng)時(shí)間保存及使用微波爐加熱。NA-Red的光穩(wěn)定性良好，可以在室內(nèi)正常光線下操作而無(wú)需避光。由于其熱穩(wěn)定性和光穩(wěn)定性，含NA-Red的凝膠在核酸染色時(shí)的重復(fù)性非常好。
NA-Red可以使用和EB相同的檢測(cè)體系。NA-Red和EB的激發(fā)光和發(fā)射光都非常接近，可以直接用NA-Red替換EB，而不必更換已有的凝膠觀察、拍照或成像系統(tǒng)(約300nm激發(fā))。NA-Red的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜請(qǐng)參考圖1。

圖1. NA-Red的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜

NA-Red的使用方法和EB一致。NA-Red可以按適當(dāng)比例直接加入瓊脂糖中配制成凝膠，也可以在電泳完畢后對(duì)凝膠進(jìn)行染色。前者更加方便，而后者靈敏度要更高一些。但由于NA-Red本身已經(jīng)非常靈敏，通常采用把NA-Red直接配制在凝膠中就可以了。對(duì)于一些特殊情況，如核酸樣品量特別少的情況等，則可以考慮電泳后再對(duì)凝膠進(jìn)行染色。
NA-Red對(duì)于核酸的遷移率影響非常小，小于SYBR Green對(duì)于核酸遷移率的影響。
通過(guò)凝膠回收試劑盒(如信裕生物或Qiagen的凝膠回收試劑盒)或酚氯仿抽提，可以有效去除與DNA或RNA結(jié)合的NA-Red，從而確保不會(huì)影響后續(xù)的連接、酶切、PCR、測(cè)序等常規(guī)的分子生物學(xué)用途。
包裝清單：

保存條件：
室溫避光保存，至少一年有效。
注意事項(xiàng)：
為確保使用的不是假冒的NA-Red，可以用細(xì)胞培養(yǎng)液把NA-Red稀釋至1X，然后對(duì)培養(yǎng)的活細(xì)胞進(jìn)行染色。隨后在熒光顯微鏡下嘗試用各種激發(fā)光觀察，如果發(fā)現(xiàn)活細(xì)胞細(xì)胞核出現(xiàn)明顯的熒光，則可以判定為假冒產(chǎn)品。如果各種激發(fā)光下活細(xì)胞均無(wú)熒光，則說(shuō)明該核酸染料是不能進(jìn)入活細(xì)胞的高度安全的染料。具有強(qiáng)致突變性的吖啶橙(Acridine Orange)染色核酸后呈現(xiàn)熒光，但其可以染色活細(xì)胞，而NA-Red不會(huì)染色活細(xì)胞。
NA-Red和EB一樣，作為熒光染料均需避光保存，但在使用過(guò)程中的常規(guī)室內(nèi)光照不會(huì)影響其使用效果。
制備好的NA-Red瓊脂糖凝膠，在4℃避光條件下通常可以保存3-5天。
NA-Red瓊脂糖凝膠再次熔化使用時(shí)，為取得更好的觀察效果，需要添加適量NA-Red。 
電泳之后的凝膠不建議重復(fù)使用。
電泳后再使用NA-Red染色的凝膠一般不需要脫色。如果發(fā)現(xiàn)背景太高，可以使用不含核酸酶的水進(jìn)行脫色處理。
NA-Red和NA-Green除了可以染色雙鏈DNA外，也可染色單鏈DNA和RNA。NA-Red對(duì)單鏈核酸的染色靈敏度約為對(duì)雙鏈DNA染色靈敏度的一半。NA-Red對(duì)單鏈核酸的染色靈敏度約為NA-Green的5倍。
如果使用聚凝膠，請(qǐng)使用浸泡染色法染膠，并延長(zhǎng)染色時(shí)間至30分鐘-1小時(shí)。
如果觀察到條帶彌散或者分離不理想，建議使用浸泡染色法染色以確認(rèn)是否與染料有關(guān)。如果浸泡染色法染色后仍然出現(xiàn)類似的問題，說(shuō)明與染料無(wú)關(guān)，請(qǐng)嘗試以下方法：使用新鮮配制的電泳緩沖液、降低核酸的上樣量、降低染料的濃度、降低瓊脂糖濃度、選用更長(zhǎng)的凝膠、降低電泳電壓一倍以上并延長(zhǎng)凝膠電泳時(shí)間以改善電泳效果、使用更薄的梳齒等。
本產(chǎn)品兼容常用的電泳緩沖液，例如TAE和TBE。
NA-Red不屬于有毒有害物質(zhì)，并通過(guò)了環(huán)境安全相關(guān)測(cè)試，相關(guān)廢棄物無(wú)需特殊處理，可以參考常規(guī)化學(xué)試劑進(jìn)行處理。
本產(chǎn)品僅限于專業(yè)人員的科學(xué)研究用，不得用于臨床診斷或治療，不得用于食品或藥品，不得存放于普通住宅內(nèi)。 
為了您的安全和健康，請(qǐng)穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作。
 

使用說(shuō)明：
NA-Red和EB(溴化乙錠)一樣可以根據(jù)使用者的偏好或?qū)嶒?yàn)?zāi)康牟捎靡韵路椒ㄖ械囊环N： 
1. 瓊脂糖凝膠中添加NA-Red。 
根據(jù)需要配制適當(dāng)濃度(例如1-3%)的瓊脂糖膠液。在瓊脂糖完全融解后，適當(dāng)冷卻但又不會(huì)使瓊脂糖凝固時(shí)，按照每100毫升膠液加入50微升NA-Red的比例(2000:1)加入NA-Red?；靹蚝蠹纯砂循傊悄z液倒入制備凝膠的模具中。適量的DNA或RNA在該膠中電泳后，在紫外燈下可以觀察到明亮的核酸條帶。
說(shuō)明：NA-Red非常穩(wěn)定，所以NA-Red可以像EB一樣在瓊脂糖凝膠液加熱融解后但未凝固前加入并混勻，也可以在瓊脂糖融解前加入，然后再微波爐加熱融解并混勻。
2. 電泳完畢后對(duì)瓊脂糖凝膠染色。
按照每100毫升100mM NaCl溶液或水中加入100-200微升NA-Red的比例(500-1000:1)加入NA-Red，配制成NA-Red染色液。把電泳完畢的瓊脂糖凝膠放到適當(dāng)?shù)娜萜髦?，加入適量上述配制好的NA-Red染色液，確保至少蓋住凝膠。在搖床上緩慢搖動(dòng)(約30-50rpm)染色20-30分鐘。染色時(shí)間根據(jù)膠的厚度而定，膠厚則染色時(shí)間需要長(zhǎng)一些，膠薄則染色時(shí)間可以短一些。染色完畢后，在紫外燈下即可觀察核酸條帶。要觀察到更為清晰的條帶，可以在染色后用水漂洗1-2次，每次3-5分鐘，以消除背景，然后在適當(dāng)紫外燈下或用凝膠成像系統(tǒng)觀察。NA-Red染色液可以重復(fù)使用3次左右。NA-Red染色液也可以一次大量制備，在室溫下避光保存，直至用完。對(duì)于核酸需要回收的情況，操作過(guò)程中需要注意避免核酸酶污染。

附錄：如何快速鑒別EB(溴化乙錠)和NA-Red
由于EB和NA-Red溶液顏色相似，在核酸染色后又采用相同的檢測(cè)系統(tǒng)進(jìn)行檢測(cè)，所以除了使用液相色譜-質(zhì)譜(LC-MS)技術(shù)鑒定分子量外，特別需要有一個(gè)快速區(qū)別EB和NA-Red的簡(jiǎn)單方法。我們研究發(fā)現(xiàn)通過(guò)固定發(fā)射波長(zhǎng)(Emission wavelength)、掃描激發(fā)波長(zhǎng)(Excitation wavelength)的方式，可以快速鑒別EB和NA-Red。如圖2，固定發(fā)射波長(zhǎng)為600nm，240-360nm掃描激發(fā)波長(zhǎng)。可以發(fā)現(xiàn)在沒有核酸的情況下，不同濃度的EB本身可以在300nm處有激發(fā)最高峰，整體掃描圖譜非常清晰(圖A)，與在有核酸(如質(zhì)粒)的情況下也基本一致(圖B)；而NA-Red在沒有核酸的情況下，本身很難被激發(fā)，即熒光背景非常弱，雖然在250-300nm有一定的激發(fā)峰，但不是很明顯(圖A)，與在有核酸(如質(zhì)粒)的情況下形成鮮明的對(duì)比(圖B)。最為明顯的是，在沒有核酸的情況下，EB本身的熒光強(qiáng)度大大高于NA-Red。這樣就可以通過(guò)簡(jiǎn)單的熒光檢測(cè)來(lái)區(qū)分EB和NA-Red了。

圖2. 對(duì)于EB、NA-Red及各自與質(zhì)粒的混合物，固定發(fā)射波長(zhǎng)為600nm，在240-360nm范圍內(nèi)進(jìn)行激發(fā)波長(zhǎng)掃描。