??????碧云天的NA-Red (Nucleic Acid Red,核酸紅)是一種EB (Ethidium bromide,溴化乙錠)的升級換代產品,用于凝膠中DNA、RNA等核酸的染色。NA-Red具有安全(致突變性極低且檢測不到顯著的細胞毒性)、靈敏度高、穩(wěn)定性好等優(yōu)點,凝膠中的核酸在使用本產品染色后用適當紫外燈(300nm左右波長)檢測呈現(xiàn)紅色熒光,適用于原先使用EB為染料的凝膠成像系統(tǒng)。 ??????NA-Red比EB和SYBR Green更安全。NA-Red在遠高于其工作濃度范圍時均沒有細胞毒性及誘變性。艾姆斯氏試驗(Ames test)結果表明,NA-Red的誘變性遠小于EB。EB在多種致突變測試中呈現(xiàn)很強的誘變性,而NA-Red僅僅在濃度高達20微克/毫升時,并在S9代謝活化時有非常微弱的誘變性。通常NA-Red在凝膠中的工作濃度約為2微克/毫升,大大低于可導致誘變的濃度。NA-Red和碧云天的另外一種安全型核酸染料NA-Green,由于它們特殊的化學結構使其難以進入細胞,從而大大降低甚至避免了染料的致突變性和細胞毒性。而SYBR Green染料可以穿透細胞膜,進入活細胞并染色DNA,并且有報道SYBR Green可以強烈增強紫外線誘導的基因突變。 ??????NA-Red檢測靈敏度高,對于小分子量核酸的染色效果好。NA-Red的檢測靈敏度比EB高8-10倍,在檢測低濃度、微量DNA或RNA方面比EB更佳,尤其對小分子量的DNA檢測非常靈敏。在使用浸泡染色法時,NA-Red和SYBR Gold的靈敏度相近甚至更高;與SYBR Gold不同的是,NA-Red預先配制在凝膠中也有很高的靈敏度。EB對于小分子量核酸的染色效果差,而NA-Red對于小分子量核酸的染色效果很好,便于觀察酶切或PCR獲得的小分子量核酸片段。推薦使用的NA-Red濃度,其檢測效果略優(yōu)于EB。如果希望獲得更高的染色靈敏度,可以適當提高NA-Red的工作濃度。 ??????NA-Red的穩(wěn)定性好,染色重復性高。含SYBR Green的凝膠核酸染色的重復性比較差,這通常是由于SYBR系列染料的穩(wěn)定性差導致的。而NA-Red的穩(wěn)定性很好,可以室溫長時間保存及使用微波爐加熱。NA-Red的光穩(wěn)定性良好,可以在室內正常光線下操作而無需避光。由于其熱穩(wěn)定性和光穩(wěn)定性,含NA-Red的凝膠在核酸染色時的重復性非常好。 ??????NA-Red可以使用和EB相同的檢測體系。NA-Red和EB的激發(fā)光和發(fā)射光都非常接近,可以直接用NA-Red替換EB,而不必更換已有的凝膠觀察、拍照或成像系統(tǒng)(約300nm激發(fā))。NA-Red的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜請參考圖1。
圖1. NA-Red的激發(fā)光譜和發(fā)射光譜
??????NA-Red的使用方法和EB一致。NA-Red可以按適當比例直接加入瓊脂糖中配制成凝膠,也可以在電泳完畢后對凝膠進行染色。前者更加方便,而后者靈敏度要更高一些。但由于NA-Red本身已經非常靈敏,通常采用把NA-Red直接配制在凝膠中就可以了。對于一些特殊情況,如核酸樣品量特別少的情況等,則可以考慮電泳后再對凝膠進行染色。 ??????NA-Red對于核酸的遷移率影響非常小,小于SYBR Green對于核酸遷移率的影響。 ??????通過凝膠回收試劑盒(如碧云天或Qiagen的凝膠回收試劑盒)或酚氯仿抽提,可以有效去除與DNA或RNA結合的NA-Red,從而確保不會影響后續(xù)的連接、酶切、PCR、測序等常規(guī)的分子生物學用途。 包裝清單:
保存條件: ??????室溫避光保存,至少一年有效。 注意事項: ??????為確保使用的不是假冒的NA-Red,可以用細胞培養(yǎng)液把NA-Red稀釋至1X,然后對培養(yǎng)的活細胞進行染色。隨后在熒光顯微鏡下嘗試用各種激發(fā)光觀察,如果發(fā)現(xiàn)活細胞細胞核出現(xiàn)明顯的熒光,則可以判定為假冒產品。如果各種激發(fā)光下活細胞均無熒光,則說明該核酸染料是不能進入活細胞的高度安全的染料。具有強致突變性的吖啶橙(Acridine Orange)染色核酸后呈現(xiàn)熒光,但其可以染色活細胞,而NA-Red不會染色活細胞。 ??????NA-Red和EB一樣,作為熒光染料均需避光保存,但在使用過程中的常規(guī)室內光照不會影響其使用效果。 ??????制備好的NA-Red瓊脂糖凝膠,在4℃避光條件下通??梢员4?-5天。 ??????NA-Red瓊脂糖凝膠再次熔化使用時,為取得更好的觀察效果,需要添加適量NA-Red。? ??????電泳之后的凝膠不建議重復使用。 ??????電泳后再使用NA-Red染色的凝膠一般不需要脫色。如果發(fā)現(xiàn)背景太高,可以使用不含核酸酶的水進行脫色處理。 ??????NA-Red和NA-Green除了可以染色雙鏈DNA外,也可染色單鏈DNA和RNA。NA-Red對單鏈核酸的染色靈敏度約為對雙鏈DNA染色靈敏度的一半。NA-Red對單鏈核酸的染色靈敏度約為NA-Green的5倍。 ??????如果使用聚丙烯酰胺凝膠,請使用浸泡染色法染膠,并延長染色時間至30分鐘-1小時。 ??????如果觀察到條帶彌散或者分離不理想,建議使用浸泡染色法染色以確認是否與染料有關。如果浸泡染色法染色后仍然出現(xiàn)類似的問題,說明與染料無關,請嘗試以下方法:使用新鮮配制的電泳緩沖液、降低核酸的上樣量、降低染料的濃度、降低瓊脂糖濃度、選用更長的凝膠、降低電泳電壓一倍以上并延長凝膠電泳時間以改善電泳效果、使用更薄的梳齒等。 ??????本產品兼容常用的電泳緩沖液,例如TAE和TBE。 ??????NA-Red不屬于有毒有害物質,并通過了環(huán)境安全相關測試,相關廢棄物無需特殊處理,可以參考常規(guī)化學試劑進行處理。 ??????本產品僅限于專業(yè)人員的科學研究用,不得用于臨床診斷或治療,不得用于食品或藥品,不得存放于普通住宅內。? ??????為了您的安全和健康,請穿實驗服并戴一次性手套操作。
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