品名:Smart-ChIP? ChIP Kit,貨號:ChIP-1001, 品牌:Engibody
NIH、麻省理工、哈佛、斯坦福等世界名校課題組青睞并長期采購的ChIP試劑盒!
Smart-ChIP? ChIP保姆級試劑盒(磁珠法)的五個巨大優(yōu)勢
1、本試劑盒適用于貼壁細(xì)胞、懸浮細(xì)胞、動物組織及植物組織,均有針對性的詳細(xì)步驟可以處理這些樣本類型,是個真正的多合一Kit。
2、本試劑盒包含需要交聯(lián)處理的轉(zhuǎn)錄因子類Cross-linked ChIP(超聲法,蛋白-DNA弱結(jié)合)的全部試劑。
3、本試劑盒還包含無需交聯(lián)處理的組蛋白修飾類Native ChIP(MNase酶切法,蛋白-DNA強(qiáng)結(jié)合)的全部試劑。
4、本試劑盒包含了三大ChIP下游實驗(PCR、qPCR以及NGS二代測序)的完整實驗操作方案和數(shù)據(jù)分析方案,同時本ChIP Kit中還包含了熒光定量PCR全部試劑。
5、本說明書是一本ChIP實驗的全面技術(shù)手冊,透徹分析了ChIP實驗中的重點(diǎn)、難點(diǎn),對各種重點(diǎn)難點(diǎn)問題都有針對性的解決方案。同時包含了表觀遺傳學(xué)的基礎(chǔ)知識和基本脈絡(luò),匯總了各種組蛋白修飾類型的詳細(xì)信息??赐赀@本保姆級說明書,所有疑難都會迎刃而解,ChIP盡在掌握之中。
保姆級ChIP試劑盒
一盒在手,ChIP無憂!
第一部分:背景簡介及應(yīng)用場景
染色質(zhì)免疫沉淀 (ChIP) 技術(shù)方法是一種用于在細(xì)胞天然染色質(zhì)背景下探測蛋白質(zhì)-DNA 相互作用的強(qiáng)大技術(shù)。這種方法可以用于檢測特定轉(zhuǎn)錄因子與基因組某個啟動子元件的結(jié)合水平,也可以用于檢測整個基因組范圍內(nèi)位點(diǎn)上某種特定組蛋白修飾水平。染色質(zhì)免疫沉淀是理解染色體的一種革命性工具,使研究者可以了解染色質(zhì)及其相結(jié)合的調(diào)控因子之間的時空動態(tài)相互作用。
除了組蛋白和轉(zhuǎn)錄因子以外,ChIP 技術(shù)還可用于分析轉(zhuǎn)錄輔助因子、DNA 復(fù)制因子及 DNA 修復(fù)蛋白與DNA特定區(qū)域的結(jié)合情況。進(jìn)行 ChIP 實驗時,在得到特異性富集的genomic目的DNA片段后,可以在下游銜接標(biāo)準(zhǔn) PCR實驗、定量實時 PCR實驗或者NGS二代測序。其中ChIP-qPCR和 ChIP-sequence功能尤為強(qiáng)大,最為常用。
1、ChIP和EMSA、DNA Pull-down、DAP-seq,這四種研究DNA-蛋白互作技術(shù)的內(nèi)在關(guān)系是什么?
EMSA———電泳凝膠遷移阻滯實驗(Electrophoretic Mobility Shift Assay),In Vitro體外通過DNA探針檢測目的蛋白,反向驗證了ChIP。是經(jīng)典方法。
DNA Pull-down———In Vitro體外通過DNA探針捕獲目的蛋白或其他候選蛋白,獲取蛋白后進(jìn)行WB檢測或MS質(zhì)譜鑒定。也是經(jīng)典方法。
DAP-seq———DNA親和純化測序,使用表達(dá)純化得到的重組靶蛋白(例如重組轉(zhuǎn)錄因子)捕獲樣本中與之相結(jié)合的所有g(shù)enomic DNA片段,本質(zhì)上可以理解為In Vitro體外 ChIP,適用于沒有合適ChIP抗體的情況,同時這種技術(shù)的另一個獨(dú)特優(yōu)勢是可以在全基因組范圍內(nèi)Genome wide快速篩選得到可能和靶蛋白相結(jié)合的全部基因組DNA片段。這是近年來的新興技術(shù)。
2、ChIP和CUT&RUN、CUT&Tag,這三種DNA-蛋白互作技術(shù)之間的比較
CUT&RUN、 CUT&Tag都是研究DNA和蛋白互作的新技術(shù),是2017年由美國弗雷德癌癥中心的Henikoff教授開發(fā)的新技術(shù),受到廣泛關(guān)注,這個技術(shù)是ChIP技術(shù)的強(qiáng)大補(bǔ)充,適用于低細(xì)胞用量的實驗,只需要100個-10萬個細(xì)胞的樣本即可實施實驗,而ChIP需要百萬級細(xì)胞才能實施。所以CUT&RUN、 CUT&Tag對于難以獲得足夠細(xì)胞樣本的實驗者來說是個好消息,但是這兩種新技術(shù)雖然原理巧妙,但操作步驟較為復(fù)雜,試劑盒較貴,而且因為是全程微量操作,需要添置不少專門的儀器設(shè)備(Qseq 100或安捷倫bioanalyzer 2100等)。對于不難獲得樣本細(xì)胞的實驗者而言,傳統(tǒng)經(jīng)典ChIP技術(shù)仍然有其不可替代的獨(dú)特優(yōu)勢,操作較為簡單,步驟成熟,無需額外添置昂貴的專門儀器,實驗成本大大降低。
3、ChIP-seq和RNA-seq的聯(lián)合分析
這是經(jīng)典研究策略,讓ChIP-seq的轉(zhuǎn)錄調(diào)控環(huán)節(jié)與最終細(xì)胞內(nèi)mRNA實際水平進(jìn)行比較,互相印證。
第二部分:技術(shù)原理和技術(shù)流程
技術(shù)原理:
染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)(Chromatin Immunoprecipitation Assay, ChIP)的基本原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下把細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA交聯(lián),超聲波或酶切將其隨機(jī)切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段,然后用所研究的目的蛋白質(zhì)抗體免疫沉淀蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合體,從而特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段,以便用于下游的PCR分析和Sequence測序。
ChIP-qPCR用于檢測通過蛋白特異性免疫沉淀富集得到的特定 DNA 序列的相對數(shù)量。ChIP-sequence能對蛋白-DNA 相互作用和組蛋白修飾進(jìn)行全基因組范圍內(nèi)的分析。
兩大技術(shù)路線:
因為:甲醛交聯(lián)后的染色質(zhì)對限制性內(nèi)切酶、MNase及DNase I高度抵抗,不易被酶切斷。通常需要使用超聲波來物理打斷染色質(zhì)。
所以:根據(jù)實驗者研究的目的蛋白不同,采用2種不同的技術(shù)路線
1、如果研究的是轉(zhuǎn)錄因子,轉(zhuǎn)錄因子和啟動子DNA元件的結(jié)合一般都是弱結(jié)合,是容易解離的,且轉(zhuǎn)錄因子在細(xì)胞內(nèi)的豐度較低,所以一般采用甲醛固定交聯(lián)轉(zhuǎn)錄因子和DNA,超聲打斷得到染色質(zhì)小片段的技術(shù)流程。
2、如果研究的是組蛋白甲基化或乙?;揎?,細(xì)胞內(nèi)豐度較高,且DNA纏繞在組蛋白上,是相對強(qiáng)結(jié)合,不易解離,因此一般無需甲醛固定交聯(lián),MNase (Micrococcal Nuclease) 酶切即可得到染色質(zhì)小片段。
第三部分:ChIP試劑盒組分清單
(共計19個組分,均可單獨(dú)購買)
編號 | 組分名稱 | 數(shù)量 | 保存 | 注意事項 |
下列組分收到后需儲存在 4 °C中,磁珠千萬不要冷凍。 |
IF0002 | ChIP級Protein A/G 磁珠 (單鏈鮭魚精DNA預(yù)包被) | 1 mL*2 | +4 °C | 不能冷凍 |
ChIP-001 | 10×交聯(lián)終止劑 | 48 mL | +4 °C |
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ChIP-002 | Chromatin Extract Buffer | 24 mL | +4 °C |
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ChIP-005 | ChIP Wash Buffer 1 | 24 mL | +4 °C |
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ChIP-006 | ChIP Wash Buffer 2 | 24 mL | +4 °C |
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ChIP-007 | ChIP Wash Buffer 3 | 24 mL | +4 °C |
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ChIP-008 | ChIP Wash Buffer 4 | 24 mL | +4 °C |
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ChIP-009 | ChIP Elution Buffer | 7.2 mL | +4 °C | 如有絮狀物,使用前需要置室溫恢復(fù)溶解 |
ChIP-011 | TCEP | 572 mg | +4 °C | 使用前配制,工作終濃度為50 mM |
下列組分收到后必須要儲存在 -20 °C中 |
ChIP-017 | MNase 微球菌核酸酶 | 30 μL | -20 °C |
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ChIP-003 | 1×Cleavage Buffer | 3 mL | -20 °C |
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ChIP-004 | 0.5M酶切終止劑 | 1.5 mL | -20 °C |
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ChIP-018 | RNase A (10 mg/mL) | 100 μL | -20 °C | 使用時需要加入鈉鹽 |
ChIP-019 | Proteinase K (20 mg/mL) | 100 μL | -20 °C |
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ChIP-012 | DNA沉淀增強(qiáng)物 | 100 μL | -20 °C |
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ChIP-010 | ChIP專用鹽溶液 | 1.5 mL | -20 °C |
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ChIP-020 | 2×熱啟動熒光定量PCR Master Mix套裝(含有ROX I,ROX II各100μL) | 1.25 mL*2 | -20 °C |
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ChIP-021 | ChIP級Normal Mouse IgG 陰性對照 | 200 μL | -20 °C |
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ChIP-022 | ChIP級Normal Rabbit IgG 陰性對照 | 200 μL | -20 °C |
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實驗結(jié)果展示:
1、ChIP-PCR
2、ChIP-qPCR
3、ChIP-測序
Smart-ChIP? ChIP kit 保姆級ChIP試劑盒官網(wǎng)詳細(xì)頁面:
https://www.engibody.com/products/Smart-ChIP-ChIP-Kit.html
注意:本試劑盒僅用于科學(xué)研究,不用于臨床診斷。
訂購請咨詢:13817407320(微信同號)
關(guān)鍵字: 染色質(zhì)免疫沉淀;ChIP;轉(zhuǎn)錄因子;組蛋白修飾;染色質(zhì);
復(fù)名表觀遺傳學(xué)(上海復(fù)名醫(yī)療科技有限公司),專注于表觀遺傳學(xué)研究工具的開發(fā)和表觀技術(shù)服務(wù)的提供。
經(jīng)過多年和全球著名大學(xué)表觀研究領(lǐng)域?qū)<医淌诘慕涣骱吞接懀e累經(jīng)驗,精準(zhǔn)解決表觀研究工具領(lǐng)域的痛點(diǎn)難點(diǎn),在表觀基因組學(xué)、表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)和表觀蛋白組學(xué)領(lǐng)域均開發(fā)了一系列研究試劑盒并提供表觀技術(shù)服務(wù),和哈佛大學(xué),華盛頓大學(xué),斯坦福大學(xué),麻省理工學(xué)院,UCSC,UCSF,HHMI,德國海德堡大學(xué),法國國家健康與醫(yī)學(xué)研究院inserm等世界名校均建立了密切的合作和交流,所開發(fā)的抗體,試劑,試劑盒受到了全球客戶的歡迎。
Engibody為復(fù)名表觀遺傳學(xué)旗下品牌,所開發(fā)的抗體,試劑,表觀試劑盒在全球范圍內(nèi)銷售,受到眾多世界著名大學(xué)課題組老師及醫(yī)藥500強(qiáng)巨頭的認(rèn)可和喜愛。
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