蛋白酶K的應(yīng)用主要為核酸提取時(shí)去除DNA酶和RNA酶，并且可將結(jié)合于基因組上的組蛋白去除，還可用于堿性磷酸酶的失活。目前分子生物學(xué)技術(shù)已應(yīng)用于許多檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)中，例如轉(zhuǎn)基因檢測(cè)、動(dòng)物屬性檢測(cè)、致病微生物檢測(cè)等。在分子生物學(xué)檢測(cè)中核酸的提取質(zhì)量直接影響了后續(xù)PCR反應(yīng)的擴(kuò)增效率。許多標(biāo)準(zhǔn)在核酸提取步驟中都設(shè)立了添加蛋白酶K消化的步驟，以期提取較純的核酸。為了保護(hù)核酸，分子生物學(xué)核酸提取實(shí)驗(yàn)中通常含有EDTA等試劑，由于EDTA可以與金屬離子絡(luò)合，因此可能會(huì)導(dǎo)致酶活性受到影響；并且通常為pH8.0時(shí)和55℃條件下進(jìn)行消化，不同pH值和溫度條件會(huì)使得酶活性受到影響。

分離DNA和RNA期間使核苷酸酶蛋白失活。去除內(nèi)毒素對(duì)陽(yáng)離子蛋白的約束，如溶菌酶和核糖核酸酶。研究報(bào)告顯示用于分離肝，酵母，綠豆線(xiàn)粒體測(cè)定細(xì)胞膜上的酶用于抗體標(biāo)記，石蠟包埋組織切片中暴露抗原結(jié)合位點(diǎn)。消化腦組織樣本中的蛋白質(zhì)，用于朊病毒的傳染性海綿狀腦?。═SE）的研究