從表面上看，肽鍵的形成（產(chǎn)生二肽）是一個(gè)簡(jiǎn)單的化學(xué)過(guò)程。這意味著兩種氨基酸成分通過(guò)肽鍵（酰胺鍵）連接，同時(shí)脫水。

肽鍵的形成是在溫和的反應(yīng)條件下激活一種氨基酸。(A)羧基部分，第二個(gè)氨基酸(B)然后親核活化的羧基部分形成二肽(A-B).若羧基成分(A)如果氨基沒有得到保護(hù)，肽鍵的形成就無(wú)法控制。成線性肽和環(huán)肽等副產(chǎn)物可能與目標(biāo)化合物A-B混合。因此，在肽合成過(guò)程中，所有不參與肽鍵形成的官能團(tuán)必須以暫時(shí)可逆的方式得到保護(hù)。

所以，多肽合成——即每個(gè)肽鍵的形成，包括三步聚集。

步是制備一些需要保護(hù)的氨基酸，氨基酸的兩性離子結(jié)構(gòu)不再存在；

第二步是形成肽鍵的兩步反應(yīng)，N-保護(hù)氨基酸的羧基首先活化為活性中間體，然后形成肽鍵。這種耦合反應(yīng)既可以作為一個(gè)步驟反應(yīng)，也可以作為兩個(gè)連續(xù)反應(yīng)。

第三步是有選擇地去除或完全去除保護(hù)基。雖然所有的去除只能在所有肽鏈組裝完成后進(jìn)行，但為了繼續(xù)肽合成也需要有選擇地去除保護(hù)基。

因?yàn)橛?0種氨基酸(Ser、Thr、Tyr、Asp、Glu、Lys、Arg、His、Sec和Cys)含有側(cè)鏈官能團(tuán)，需要選擇性保護(hù)，使肽合成更加復(fù)雜。臨時(shí)性和半永久性保護(hù)基必須區(qū)分，因?yàn)閷?duì)選擇性的要求不同。臨時(shí)保護(hù)基用于下一步反映氨基酸或羧基官能團(tuán)的臨時(shí)保護(hù)。半永久性保護(hù)基在不干擾已形成肽鍵或氨基酸側(cè)鏈的情況下被去除，有時(shí)在合成過(guò)程中被去除。

理想情況下，羧基組分的活化和隨后肽鍵的形成(耦合反應(yīng))應(yīng)為快速反應(yīng)，不應(yīng)形成消旋或副產(chǎn)物，并應(yīng)用摩爾反應(yīng)物以獲得高產(chǎn)。不幸的是，沒有一種化學(xué)耦合方法能夠滿足這些要求，而且很少有方法適用于實(shí)際合成。

在肽合成過(guò)程中，參與各種反應(yīng)的官能團(tuán)通常與手動(dòng)中心相連（甘氨酸是唯一的例外），并且存在潛在的旋轉(zhuǎn)風(fēng)險(xiǎn)。

多肽合成循環(huán)的最后一步是去除所有保護(hù)基。選擇性去除保護(hù)基除了在二肽合成中需要完全去除保護(hù)外，對(duì)肽鏈延伸具有重要意義。合成策略應(yīng)仔細(xì)規(guī)劃。根據(jù)戰(zhàn)略選擇，N可以有選擇地去除α-氨基保護(hù)基或羧基保護(hù)基。“戰(zhàn)略”一詞指的是單個(gè)氨基酸的縮合反應(yīng)順序。一般來(lái)說(shuō)，逐漸合成和片段縮合是有區(qū)別的。肽合成(也稱為“常規(guī)合成”)在溶液中進(jìn)行。在大多數(shù)情況下，肽鏈逐漸延長(zhǎng)只能通過(guò)使用肽鏈合成較短的片段來(lái)合成。為了合成更長(zhǎng)的肽，目標(biāo)分子必須分割成合適的片段，并確定它們可以限度地減少C端的差異化程度。在單個(gè)片段逐漸組裝后，目標(biāo)化合物將被連接起來(lái)。肽合成策略包括選擇和最合適的保護(hù)片段，肽合成戰(zhàn)術(shù)包括選擇最恰當(dāng)?shù)谋Ｗo(hù)基組合和的片段偶聯(lián)方法。

寫到最后:

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