CHIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同時分析lncRNA/circRNA 、蛋白及DNA三者互作關(guān)系。利用ChIRP-seq技術(shù)可用于在全基因范圍內(nèi)定位lncRNA/circRNA的結(jié)合位點和可能結(jié)合的其他RNA分子,是揭示位于細胞核內(nèi)lncRNA/circRNA 生物學(xué)機制的關(guān)鍵實驗手段。該方法是通過設(shè)計與目標RNA序列反向互補的生物素探針，把目標RNA拉下來以后，與其共同作用的DNA染色體片段就會附到鏈霉親和素磁珠上，最后通過qRT-PCR或測序來測定目的RNA、DNA序列，亦或是通過Western或質(zhì)譜分析來測定蛋白。ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）運用于研究RNA與DNA、RNA及蛋白質(zhì)之間相互作用的實驗。根據(jù)研究對象不同，ChIRP技術(shù)結(jié)合了高通量測序（ChIRP-Seq）和質(zhì)譜技術(shù)（ChIRP-MS）分別研究與目標RNA互作的基因和蛋白質(zhì)。ChIRP技術(shù)是通過設(shè)計生物素探針組，通過堿基互補配對將目標RNA特異性拉下的同時會富集與其互作的DNA、RNA或蛋白質(zhì)（RBPs），最后將基因開展高通量測序或PCR，可以得到該調(diào)控RNA轉(zhuǎn)錄調(diào)控的下游靶基因。與此同時，RBPs可以開展Western Blot驗證或者MS鑒定。