背景[1-3]
全能型DNA建庫試劑盒是針對Illumina®高通量測序平臺定向優(yōu)化而成的新一代建庫試劑盒。全能型DNA建庫試劑盒采用高質(zhì)量的酶學組成，簡化的操作流程，可顯著提高低質(zhì)量樣本文庫轉(zhuǎn)化率與擴增效率，具有廣泛的樣本適應性，同時兼容FFPE、cfDNA、ChIP DNA等樣本，助力獲得優(yōu)異的測序數(shù)據(jù)。
全能型DNA建庫試劑盒建庫方法運用高活性的轉(zhuǎn)座酶，完成DNA的片段化和加接頭，具有快速、操作簡單和低建庫起始量的優(yōu)點，缺點是插入序列具有偏好性，對DNA的純度和DNA濃度準確性要求較高。
應用[4][5]
全能型DNA建庫試劑盒用于基因序列捕獲芯片的研發(fā)和驗證
序列捕獲技術(shù)是近幾年興起的人類基因組學研究的熱門手段,該技術(shù)與高通量測序相結(jié)合能實現(xiàn)龐大人類基因組經(jīng)濟、高效的研究。目前,國內(nèi)外多數(shù)依賴Agilent,NimbleGen等平臺的資源進行相關(guān)基礎研究與臨床診斷輔助,國內(nèi)罕見獨立成果。本研究采用的是玻片為探針固定介質(zhì)進行捕獲芯片的研發(fā),與目前市場投放的多以磁珠為介質(zhì)的目標序列捕獲芯片相比,成本更低,設備要求更低,操作更為簡便,更適合市場的投放與推廣,具有很大應用潛能與商業(yè)化前景。主要研究成果如下:
(1)以胃癌FFPE切片為材料提取高質(zhì)量基因組,探索了穩(wěn)定的DNA片段化條件。完成了短片段DNA選擇建庫,并獨創(chuàng)性用膠回收產(chǎn)物成功構(gòu)建特定短片段的DNA文庫,兩者比較,后者選擇性更好,干擾性的雜片段更少。
(2)探索并確定了文庫DNA的PCR放大的條件,可能降低引物二聚體,清除非特異性擴增產(chǎn)物。立足實驗順利進行與經(jīng)濟兩個原則,實驗優(yōu)化了文庫擴增與MDA中的合適的dUTP摻入比例,確定了實驗樣品的最合適的擴增與染色的條件。
(3)成功表達、純化出高活性的Bst DNA聚合酶大片段,并檢測其活性與優(yōu)化了擴增溫度。自主生產(chǎn)的酶與商品化酶的活性無明顯差別,擴增產(chǎn)物均一,質(zhì)量較優(yōu),可滿足本實驗與本實驗室其他芯片研究平臺使用,大大節(jié)約了實驗成本。
(4)利用本實驗室資源,從已有的人類基因組探針庫隨機挑取實驗探針群。采用Bst DNA聚合酶大片段擴增探針群與HM DNA。用玻璃粉與玻片兩種材料作為探針的固定介質(zhì),探索并驗證探針固定方法,進行手工點樣制備手工捕獲芯片。進行樣品的雜交與洗脫富集目標序列,并以驗證芯片進行實驗方法有效性驗證。
參考文獻
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[5]劉馨.基因序列捕獲芯片的研發(fā)和驗證[D].福州大學,2017.