Cy3激發(fā)光波長為570nm，發(fā)射光波長為650nm，呈綠色熒光。但是在綠光光譜波長激發(fā)下，Cy3也可出現(xiàn)紅色熒光。Cy3屬于花菁類染料 （Cyanine Dyes），常見的Cy系列染料主要包括有Cy2、Cy3、Cy5等，能與細胞內(nèi)蛋白質(zhì)結(jié)合。這類染料的熒光特性與傳統(tǒng)熒光素類似，但水溶性和對光穩(wěn)定性 較強，熒光量子產(chǎn)率較高，對pH等環(huán)境不敏感。常用于多重染色。Cy3在氬光燈（514nm或528nm）下可以被激發(fā)出50%的光強，在氦氖燈 （543nm）或者汞燈（546nm）下則約75%的光強。 Cy3可以和熒光素一起作雙標。Cy3還可以和Cy5一起在共聚焦顯微鏡實驗中作多標記。Cy3和Cy5比其他的熒光團探針要更亮，更穩(wěn)定，背景更弱。因 為激發(fā)光和發(fā)射光波長很接近TRITC，在熒光顯微鏡中，可使用和TRITC一樣的濾波片。