【嘉美生物】一 表觀遺傳學(xué)的基本原理
1、表觀遺傳學(xué)概念
表觀遺傳學(xué)(epigenetics):研究不涉及DNA序列改變的基因表達(dá)和調(diào)控,并且引起可遺傳的表型?;蛘哒f(shuō)是研究從基因演繹為表型的過(guò)程和機(jī)制的一門(mén)新興的遺傳學(xué)分支。
2、表觀遺傳學(xué)修飾機(jī)制
DNA甲基化、基因組印記、組蛋白密碼-染色質(zhì)重塑、X染色體失活。
3、表觀遺傳學(xué)研究領(lǐng)域
組蛋白(histone);
轉(zhuǎn)錄因子(transcription factor);
DNA甲基化(DNA methylation);
基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控(gene transcription regulation);
細(xì)胞核內(nèi)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(nuclear signal transduction);
核內(nèi)蛋白質(zhì)的相互作用(nuclear protein interaction);
生殖細(xì)胞(germ cell, oocyte,spermatocyte…);
干細(xì)胞(sterm cell);
腫瘤(Cancer);
遺傳?。╥nherited diseases)。
二 甲基化以及甲基化試劑盒
1、甲基化原理
DNA甲基化(DNA methylation)是研究得最清楚、也是最重要的表觀遺傳修飾形式,主要是基因組DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基間的共價(jià)結(jié)合,胞嘧啶由此被修飾為5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5-mC)。DNA甲基化能關(guān)閉某些基因的活性,去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。 哺乳動(dòng)物中,CpG序列在基因組中出現(xiàn)的頻率僅有1%,遠(yuǎn)低于基因組中的其它雙核苷酸序列。但在基因組的某些區(qū)域中,CpG序列密度很高,可以達(dá)均值的5倍以上,成為鳥(niǎo)嘌呤和胞嘧啶的富集區(qū),形成所謂的CpG島。健康人基因組中,CpG島中的CpG位點(diǎn)通常是處于非甲基化狀態(tài),而在CpG島外的CpG位點(diǎn)則通常是甲基化的。
2、甲基化試劑盒
(1)甲基化原理以及后續(xù)檢測(cè)
甲基化特異性的PCR(methylation-specific PCR, MS-PCR):它將DNA先用重亞硫酸鹽處理,這樣未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏ぃ谆牟蛔?,隨后行引物特異性的PCR。MS-PCR中設(shè)計(jì)兩對(duì)引物,并要求:1.引物末端均設(shè)計(jì)至檢測(cè)位點(diǎn)結(jié)束;2.兩對(duì)引物分別只能與重亞硫酸鹽處理后的序列互補(bǔ)配對(duì),即一對(duì)結(jié)合處理后的甲基化DNA鏈,另一對(duì)結(jié)合處理后的非甲基化DNA鏈。檢測(cè)MSP擴(kuò)增產(chǎn)物,如果用針對(duì)處理后甲基化DNA鏈的引物能擴(kuò)增出片段,則說(shuō)明該被檢測(cè)的位點(diǎn)存在甲基化;若用針對(duì)處理后的非甲基化DNA鏈的引物擴(kuò)增出片段,則說(shuō)明被檢測(cè)的位點(diǎn)不存在甲基化。
(2)試劑盒信息
目錄號(hào)
貨名
規(guī)格
價(jià)格
S7820
CpGenome Universal DNA Modification Kit
100 samples
3208
S7824
CpGenome Fast DNA Modification Kit
25 samples
2058
S7821
CpGenome Universal Methylated Control DNA
10ug
3324
S7822
CpGenome Universal Unmethylated DNA Set
10ug
2979
三 染色體免疫沉淀(ChIP)
1、染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)概念
染色體免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來(lái)的方法,也稱(chēng)結(jié)合位點(diǎn)分析法,在過(guò)去十年已經(jīng)成為表觀遺傳信息研究的主要方法。這項(xiàng)技術(shù)幫助研究者判斷在細(xì)胞核中基因組的某一特定位置會(huì)出現(xiàn)何種組蛋白修飾。ChIP不僅可以檢測(cè)體內(nèi)反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用,還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達(dá)的關(guān)系。
2、染色質(zhì)免疫共沉淀的步驟
步:用甲醛在體內(nèi)將DNA結(jié)合蛋白與DNA交聯(lián)
第二步:分離染色體(質(zhì)),剪切后的DNA小片段與結(jié)合蛋白結(jié)合
第三步:用特異性抗體與DAN結(jié)合蛋白結(jié)合,用沉淀法分離復(fù)合體。反向交聯(lián)操
作釋放DNA,并消化蛋白質(zhì)。
第四步:用PCR擴(kuò)增特異DNA序列,以確定是否與抗體共沉淀。
3、染色質(zhì)免疫共沉淀試劑盒以及相關(guān)試劑
(1)基于瓊脂糖微球吸附,通過(guò)超聲處理染色質(zhì)的試劑盒
目錄號(hào)
貨名
規(guī)格
價(jià)格
17-295
Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) Assay Kit
22 assays
3439
17-245
Acetyl-Histone H3 noprecipitation(ChIP) Assay Kit
22 assays
5508
17-229
Acetyl-Histone H4 uprecipitation (ChIP) Assay Kit
22 assays
5508
(2)基于瓊脂糖微球吸附,酶法處理染色質(zhì)的試劑盒
目錄號(hào)
貨名
規(guī)格
價(jià)格
17-371
EZ-ChIP
22 assays
4474
17-315
EZ-Zyme Chromatin Prep Kit
22 pre
4129
(3)基于磁珠吸附的,超聲法處理染色質(zhì)的試劑盒
目錄號(hào)
貨名
規(guī)格
價(jià)格
17-610
Magna ChIP A Chromatin Immunoprecipitation Kit
22 assays
3898
17-611
MagnaChIP G Chromatin Immunoprecipitation Kit
22 assays
3898
(4)基于磁珠吸附的,酶法處理染色質(zhì)的試劑盒
目錄號(hào)
貨名
規(guī)格
價(jià)格
17-408
EZ-MagnaChIP A Chromatin Immunoprecipitation Kit
22 assays
4589
17-409
EZ-Magna ChIP G Chromatin Immunoprecipitation Kit
22 assays
4589
4、Protein A 和 Protein G的選擇
根據(jù)不同的IgG的親和力選擇,小鼠多用Protein G。兔抗兩者都可,也傾向于選擇Protein A。
四 端粒以及端粒酶
1、概念:什么是端粒和端粒酶
染色體兩末端的結(jié)構(gòu)為端粒,端粒也被科學(xué)家稱(chēng)作“生命時(shí)鐘”,在新細(xì)胞中,細(xì)胞每分裂一次,端粒就縮短一次,當(dāng)端粒不能再縮短時(shí),細(xì)胞就無(wú)法繼續(xù)分裂而死亡。端粒由串聯(lián)重復(fù)的TTAGGG組成。端粒酶具有對(duì)端粒的延伸作用,在沒(méi)有端粒酶的細(xì)胞中,端粒會(huì)逐漸縮短直至損害基因;有端粒酶存在的細(xì)胞,則該酶會(huì)不斷補(bǔ)充新的端粒,使之處于一種不斷伸縮的動(dòng)態(tài)平衡中。
2、端粒酶檢測(cè)試劑盒
目錄號(hào)
貨名
規(guī)格
價(jià)格
S7700
TRAPeze Telomerase Detection Kit
122assays
5739
S7710
TRAPEZE RT Telomerase Detection Kit
244assays
7598
S7707
TRAPeze XL Telomerase Detection Kit
112assays
5623
S7701
TRAPeze Telomerase Positive Control Cell Pellet
1 Vial
1369
S7705
TRAPeze 1X CHAPS Lysis Buffer
10ml
908
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