數據是 B 細胞表位分析與預測的基礎。研究者們通過收集和整理已有的研究成果，開發(fā)了一些 B 細胞表位數據庫。常用數據庫見下表：

      PDB 數據庫于1971 年建立，主要收集通過 X-射線單晶衍射、核磁共振、 電子衍射等實驗手段確定的蛋白質、核酸和糖的三維結構。因此，該數據庫也存儲了一些抗原或者抗原-抗體復合物的三維結構。
      IEDB 數據庫[5]在 2004 年建立，是使用最為廣泛和最具權威性的表位數據庫。 該數據庫存儲由實驗確定的 B 細胞表位（線性表位和構象表位），這些表位收 60 集自公開發(fā)表的出版物或者由研究組自行提交。目前，IEDB 數據庫包含 159,339 條 B 細胞相關記錄。每個表位都提供了對應的參考文獻、結構、來源抗原等信息。此外，該數據庫還集成了一些表位預測工具。
      Bcipep 數據庫包含實驗確定的線性 B 細胞表位(來源于文獻或者其它的數據庫)。目前，該數據庫存儲了 555 條表位。對于每一條表位，數據庫給出了其肽段序列、來源蛋白、病原體等。如果數據來源于其它數據庫，Bcipep 數據庫也提供了鏈接。
      CED 數據庫存儲了 293 條構象表位記錄。研究者從 PubMed 和 ScienceDirect 數據庫收集和整理文獻，然后手工分析超過 3000 條文獻，保留了高分辨率和完整的構象表位，并存入數據庫。CED 數據庫提供了表位的相關信 70 息，包括表位在抗原體的位置、表位的免疫特性、抗原體、抗原所對應的抗體等。 該數據庫提供了友好的操作界面，能夠展示表位的 3D 結構。
      Epitome 數據庫存儲從抗原-抗體復合物推斷的抗原表位。在該數據庫中， 抗原殘基和 CDRs 之間的反應稱為免疫反應。研究者通過對復合物的比對和分析，識別抗原的 CDRs 區(qū)域，然后根據抗原抗體反應來標注與 CDRs 反應的抗原 75 殘基。該數據庫存儲了 142 條標記抗原，也提供了可視化工具分析抗原-抗體復合物以及標注的表位。
      AntiJen是一個綜合數據庫，涵蓋了與免疫和疫苗相關的動力學、熱力學和分子數據。AntiJen v2.0 包含 3541 條 B 細胞表位(線性表位和構象表位)。每條表位都提供了其肽段來源、抗體、外部鏈接。
      HIV 分子免疫數據庫包含 HIV 病毒表位。該數據庫中的數據來源于 HIV 免疫文獻，目前包含 11,361 條 HIV 相關的 B 細胞反應和 T 細胞反應數據。
      3、B細胞表位預測方案簡介
      從80年代Hopp和Woods提出親水性參數對抗原表位預測的方法以來，已有許多參數、算法發(fā)表，對B細胞蛋白抗原表位研究起到巨大的推動作用。現已被大眾認可并具有較好預測效果的方法，主要有以下6種：
      (1)親水性方案(Hydrophilicity)
      常用的有五種方法：Nozaki-Tanford scale，Hopp-Woods scale，Eisenberg scale，Kyte-Doolittle scale，HPLC scale。其中尤以Hopp-Woods方案最為有名。認為蛋白質抗原各氨基酸殘基可分為親水殘基和疏水殘基兩類。在機體內，疏水性殘基一般埋在蛋白內部，而親水性殘基位于表面，因此蛋白的親水部位與蛋白抗原表位有密切的聯(lián)系。Hopp-Woods方案是以殘基由有機相環(huán)境轉移到水相環(huán)境的自由能為依據計算各個氨基酸的親水性?，F已明確，親水性部位與抗原表位并無很好的一致性，即高親水性部位不一定是表位，表位也不一定是親水性部位。

      (2)可及性方案(Accessibility)
      如Janin可及性參數，指蛋白質抗原中氨基酸殘基被溶劑分子接觸的可能性。它反映了蛋白質抗原內、外各層殘基的分布情況。
      (3)抗原性方案(Antigenicity)
      對20個已研究得很透的蛋白質的69個連續(xù)位點的606個氨基酸統(tǒng)計分析，Welling建立了抗原性刻度。每個氨基酸用出現在抗原區(qū)的頻率描述，此頻率除以各氨基酸在所有蛋白質中的頻率就可推出此刻度值。該法研究表明，疏水性氨基酸殘基對抗原表位形成亦有貢獻。缺點是其所用的數據庫有限，并且連續(xù)位點內的殘基被認為是同等重要的。顯然那些不重要的殘基歸入計算會明顯降低相關性。
      (4)可塑性方案(Flexibility)
      指蛋白抗原構象不是剛性不變的，其多肽鏈骨架有一定程度的活動性，活動性強的氨基酸殘基即可塑性大的位點，易形成抗原表位。Karplas 和Schulz基于已知結構的31個蛋白質的Cx的溫度β因子，發(fā)展了一種預測蛋白質片段活動性的方法。
      (5)電荷分布方案(Charge distribution)
      認為對堿性抗原特異的抗體多趨于酸性，對酸性抗原特異的抗體多趨于堿性。
      (6)二級結構預測方案(Secondary structure)
      認為β轉角結構為凸出結構，多出現在蛋白質抗原表面，利于與抗體嵌合，較可能成為抗原表位。而α螺旋、β片層結構規(guī)則不易形變，較難嵌和抗體，一般不作為抗原表位?？深A測蛋白質β轉角的有Chou-Fasman，Garnier，Cohen等方法。其中各種方法預測的成功率均不超過65%。一般認為Cohen方法對轉角的預測正確率很高，對于已知折疊類型的蛋白質(αα類，ββ類，α/β類)正確率高達95%，對于未知結構類型的蛋白質，可用3種類型分別預測，3類預測一致的轉角對預測表位有幫助。
      對上述各種參數的預測比較表明，各種方案預測的正確率均不高。一般將上述多種方案綜合考慮，尤以可及性方案、可塑性方案、抗原性方案及二級結構預測為重要。概括而言，作為B細胞蛋白抗原的表位首先應易于位于或移動于蛋白質抗原表面，有利于與抗體結合。另外，具有一定柔韌性，因為抗原與抗體結合時蛋白構象有一定的變化。已經有一些文獻提出了各自不同的綜合分析方法。1988年Jameson和Worf提出一種綜合預測方案。權重選擇為：40%來自二級結構成分，可及性、柔韌性各15%，30%來自親水性。在吳加金等編的Goldkey軟件中，以六種參數Hopp-Woods，HPLC，Accessibility，Flexibility，Charge，Antigenivity綜合考慮，得出綜合判斷圖，閾值以上的峰即認為是預測的抗原表位。