Cy3 (Cyanine 3) 是一種發(fā)橘黃色熒光的花青素?zé)晒馊玖?。它的熒光很亮，?duì)pH不敏感，并且處在肉眼較敏感的可見(jiàn)光區(qū)，在絕大多數(shù)熒光儀器上都可使用。Cy3可以用來(lái)標(biāo)記蛋白，抗體，多肽，核酸分子等。

NHS活化酯（N-羥基琥珀酰亞胺酯，N-hydroxysuccinimide ester（NHS），succinimidyl ester（SE））是生物標(biāo)記反應(yīng)中最常用的活化基團(tuán)。它活化Cy3分子中的羧基，讓它可以和目標(biāo)生物分子上的胺基（主要伯胺）反應(yīng)生成穩(wěn)定的酰胺鍵，從而把Cy3分子標(biāo)記到生物大分子上。由于游離胺基是蛋白，抗體，多肽表面的常見(jiàn)官能團(tuán)（來(lái)自于賴胺酸側(cè)鏈），Cy3-NHS可以和它們直接反應(yīng)。核酸分子中天然不帶游離胺基，只有胺基修飾過(guò)的RNA或者DNA才可以和Cy5-NHS反應(yīng)。

Cy3-NHS活化酯的水溶性較低，所以在水相的標(biāo)記反應(yīng)體系內(nèi)需要使用有機(jī)共溶劑，常用有機(jī)溶劑包括DMF，DMSO和乙腈等。如需標(biāo)記的分子對(duì)有機(jī)溶劑敏感，可選擇磺化花青素（sulfonated cyanine），即sulfo-Cy3-NHS活化酯。兩者的光譜性質(zhì)幾乎一致，因此大部分應(yīng)用可相互替換。兩者的主要區(qū)別在于：磺化染料是水溶性的，在水相的標(biāo)記反應(yīng)體系內(nèi)不需要使用有機(jī)共溶劑，并且降低染料在水中聚集的可能性，增強(qiáng)標(biāo)記效率。