品名:Smart-EMSA? EMSA Kit,貨號:IF9501,品牌:Engibody
訂購及技術(shù)咨詢:朱小鷗,13817407320(微信同號)
NIH、麻省理工、哈佛、斯坦福等世界名校課題組青睞并長期采購的EMSA試劑盒!
Smart-EMSA?凝膠遷移實驗試劑盒
EMSA技術(shù)的現(xiàn)狀分析
EMSA實驗所需試劑較多,一些試劑如Poly(dl-dC)還需進口,加上生物素探針的合成和標記、蛋白樣本的制備、EMSA凝膠的配制、帶正電荷的尼龍膜、EMSA專用電泳液和EMSA專用轉(zhuǎn)膜液等,費用不小。還需要一些設備如電泳儀與轉(zhuǎn)膜儀、紫外交聯(lián)儀、化學發(fā)光成像儀等。
從市場逐個購買試劑,費時費力,費用不菲,且試劑與試劑之間難以協(xié)調(diào)匹配,遇到各種技術(shù)問題也無法解決。
有了復名表觀遺傳學的EMSA試劑盒,這些問題全部迎刃而解,最小的費用和時間搞定EMSA實驗。
而且實驗者跟隨本EMSA試劑盒操作步驟可熟悉與掌握該項技術(shù),節(jié)約很多時間和費用,遇到問題可以找復名表觀遺傳學技術(shù)支持輕松解決,文末有技術(shù)支持的微信二維碼,可以隨時添加好友。
Smart-EMSA? 試劑盒的4大優(yōu)勢
1、本試劑盒適用于貼壁細胞、懸浮細胞、動物組織、植物組織及純化后的重組蛋白,是個真正的多合一Kit。
2、本試劑盒包含適用于驗證型EMSA、競爭型EMSA及SuperShift超遷移EMSA的試劑。
3、本試劑盒采用化學發(fā)光法檢測,而非采用放射性同位素檢測,具有高靈敏度,且對實驗人員健康無任何傷害。
4、本說明書是一本EMSA實驗的全面技術(shù)手冊,透徹分析了EMSA實驗中的重點、難點,對各種重點難點問題都有針對性的解決方案。同時包含了表觀遺傳學的基礎知識和基本脈絡,匯總了DNA與各種蛋白互作的詳細信息。看完這本保姆級說明書,所有疑難都會迎刃而解,EMSA盡在掌握之中。
一盒在手,EMSA無憂!
第一部分:背景簡介及應用場景
EMSA(Electrophoretic Mobility Shift Assay),凝膠遷移實驗又稱凝膠阻滯實驗或電泳遷移率改變實驗,其原理是蛋白-核酸探針復合物在聚丙烯酰胺凝膠電泳中比自由探針遷移更慢,是一種用于體外In Vitro檢測蛋白(主要是轉(zhuǎn)錄因子及轉(zhuǎn)錄輔因子)與DNA片段(啟動子或增強子)相互作用的技術(shù)。
1、EMSA和ChIP、DNA Pull-down、DAP-seq,這四種研究DNA-蛋白互作技術(shù)的內(nèi)在區(qū)別是什么?
1)、EMSA———電泳凝膠遷移阻滯實驗(Electrophoretic Mobility Shift Assay),In Vitro體外通過DNA探針檢測目的蛋白,反向驗證了ChIP。是經(jīng)典方法。
2)、ChIP———染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)是一種用于在細胞天然染色質(zhì)背景下In Vivo體內(nèi)探測蛋白質(zhì)-DNA 相互作用的技術(shù)。這種方法可以用于檢測特定轉(zhuǎn)錄因子與基因組某個啟動子元件的結(jié)合水平,也可以用于檢測整個基因組范圍內(nèi)位點上某種特定組蛋白修飾水平。
3)、DNA Pull-down———In Vitro體外通過DNA探針捕獲目的蛋白或其他候選蛋白,獲取蛋白后進行WB檢測或MS質(zhì)譜鑒定。也是經(jīng)典方法。
4)、DAP-seq———DNA親和純化測序,使用表達純化得到的重組靶蛋白(例如重組轉(zhuǎn)錄因子)捕獲樣本中與之相結(jié)合的所有g(shù)enomic DNA片段,本質(zhì)上可以理解為In Vitro體外 ChIP,適用于沒有合適ChIP抗體的情況,同時這種技術(shù)的另一個獨特優(yōu)勢是可以在全基因組范圍內(nèi)Genome wide快速篩選得到可能和靶蛋白相結(jié)合的全部基因組DNA片段。這是近年來的新興技術(shù)。
2、EMSA和ChIP的聯(lián)合分析,相互驗證
這是經(jīng)典研究策略,ChIP是體內(nèi)In Vivo研究DNA和蛋白互作,EMSA是體外In Vitro進行DNA和蛋白互作的驗證,互相印證。
第二部分:技術(shù)原理和技術(shù)流程
技術(shù)原理:
當DNA探針與蛋白樣本混合孵育時,樣本中可以與DNA探針結(jié)合的蛋白與探針形成蛋白-探針復合物,這種復合物由于分子量很大,在進行PAGE電泳時遷移較慢,而沒有結(jié)合蛋白的自由DNA探針則遷移較快,跑在凝膠的前沿。孵育的樣本在進行PAGE電泳分離并轉(zhuǎn)膜(正電荷尼龍膜)后,蛋白-探針復合物會在膜靠前的自由探針位置后方再形成一條目的條帶,說明有蛋白與目標探針(例如轉(zhuǎn)錄因子和啟動子DNA元件的結(jié)合)發(fā)生了互作。
技術(shù)流程:
根據(jù)實驗者研究的靶標蛋白類型不同,采用3種略有不同的技術(shù)流程
1、驗證型EMSA
如果樣本是純化后的重組蛋白(例如轉(zhuǎn)錄因子,轉(zhuǎn)錄因子和啟動子DNA元件的結(jié)合一般是弱結(jié)合,容易解離,且轉(zhuǎn)錄因子在細胞內(nèi)的豐度很低,建議采用表達純化的高純度轉(zhuǎn)錄因子作為轉(zhuǎn)錄因子類EMSA的蛋白樣本),沒有其他雜蛋白的干擾,只需要設計含有陰性對照的最簡單的實驗方案即可。
2、競爭型EMSA
如果樣本是細胞核蛋白提取物,樣本里除了目的蛋白,還有很多其他各種蛋白,容易和DNA探針發(fā)生非特異性結(jié)合,這時就需要設計野生型冷探針競爭對照組和突變型冷探針競爭對照組來排除非特異性結(jié)合。
3、SuperShift超遷移EMSA
如果還想對目的蛋白進行進一步確定,可以在蛋白樣本中加入探針及靶標蛋白的抗體,形成三元復合物,這樣電泳遷移率進一步變慢,得到超遷移條帶。
下圖為SuperShift超遷移EMSA的示意圖
第四部分:EMSA實驗結(jié)果與示例展示
展示5個結(jié)果示例,如下列圖片所示:
EMSA assay of the binding of NAC075 to the CAT2 promoter
EMSA assay of the binding of MaWRKY26 to the MaLOX2 probe
The EMSA assay showing direct binding of nuclear proteins to FTO promoter sequence using nuclear extract from HEK 293 cells (lane 1, 2). The competition assay was carried out by adding mutanted probes (lane 3, 4) or 100×unlabeled double-stranded oligonucleotide probes (lane 5, 6). The super-shift assay conducted using 20 ng anti-Foxa2 antibody (lane 7, 8). Each group was replicated with two lanes. The arrows indicate the probes, DNA-protein complexes and shift band.
EMSA assay of the binding of SRY to the probe
EMSA demonstrating specific NrtR binding to DNA. DNA fragments used in the assays are defined by their genomic positions and are shown as dark circles in the top of each panel. (A) EMSA with nadM-nadV DNA fragment (0.7 ng) in the absence (lane 1) and in the presence (lanes 2–5) of increasing syNrtR protein concentrations (0.25, 0.5, 1.0 and 5.0 nM, respectively). The specificity of interaction of syNrtR (2 nM) with DNA fragment (lane 7) was tested by competition with 1 μg polydC/dI (lane 8) and 140 ng unlabeled DNA fragment (lane 9). Lane 6 contains 0.7 ng of the biotylinated DNA fragment only. (B) EMSA with nadE and nadA DNA fragments in the absence (lanes 1 and 5) and in the presence of syNrtR (2 nM) (lanes 2 and 6). The specificity of interaction was tested with polydC/dI (lanes 3 and 7) and unlabeled DNA fragment (lanes 4 and 8). (C) EMSA with prs-nadV DNA fragment in the absence (lane 1) and in the presence of 2 nM soNrtR (lanes 2 and 5) and 5 nM soNrtR (lane 6). Competition assays were performed with 2 nM soNrtR in the presence of polydC/dI (lane 3) and unlabeled DNA (lane 4).
第五部分:EMSA試劑盒組分清單
(共計14個組分,均可單獨購買)
編號 | 組分名稱 | 數(shù)量 | 保存 | 注意事項 |
下列組分收到后需儲存在 4 °C中。 |
EMSA-001 | 10×蛋白與探針結(jié)合反應液 | 1 mL | +4 °C |
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EMSA-002 | EMSA專用封閉液 | 120 mL | +4 °C |
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EMSA-003 | EMSA專用10×洗滌液 | 250 mL | +4 °C |
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EMSA-004 | 檢測反應液 | 120 mL | +4 °C |
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EMSA-005 | ECL發(fā)光液A液(IF6747) | 50 mL | +4 °C |
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EMSA-006 | ECL發(fā)光液B液(IF6747) | 50 mL | +4 °C |
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下列組分收到后必須要儲存在 -20 °C中 |
EMSA-008 | Poly (dI?dC) | 125μL | -20 °C |
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EMSA-009 | EMSA專用Loading Buffer(5×) | 3*1 mL | -20 °C | 室溫融化后使用 |
EMSA-010 | Streptavidin Conjugated HRP | 100 μL | -20 °C |
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EMSA-011 | 50% Glycerol | 500 μL | -20 °C |
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EMSA-012 | 1% NP-40 | 500 μL | -20 °C |
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EMSA-013 | 1 M KCl | 1 mL | -20 °C |
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EMSA-014 | 100mM MgCl2 | 500 μL | -20 °C |
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EMSA-015 | 200mM EDTA (pH 8.0) | 500 μL | -20 °C |
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Smart-EMSA?保姆級凝膠遷移實驗試劑盒,官網(wǎng)頁面:
https://www.engibody.com/products/Smart-EMSA-EMSA-Kit.html
訂購及技術(shù)咨詢:朱小鷗,13817407320(微信同號)
關鍵字: EMSA;Gel Shift;凝膠遷移;競爭型EMSA;驗證型EMSA;
復名表觀遺傳學(上海復名醫(yī)療科技有限公司),專注于表觀遺傳學研究工具的開發(fā)和表觀技術(shù)服務的提供。
經(jīng)過多年和全球著名大學表觀研究領域?qū)<医淌诘慕涣骱吞接懀e累經(jīng)驗,精準解決表觀研究工具領域的痛點難點,在表觀基因組學、表觀轉(zhuǎn)錄組學和表觀蛋白組學領域均開發(fā)了一系列研究試劑盒并提供表觀技術(shù)服務,和哈佛大學,華盛頓大學,斯坦福大學,麻省理工學院,UCSC,UCSF,HHMI,德國海德堡大學,法國國家健康與醫(yī)學研究院inserm等世界名校均建立了密切的合作和交流,所開發(fā)的抗體,試劑,試劑盒受到了全球客戶的歡迎。
Engibody為復名表觀遺傳學旗下品牌,所開發(fā)的抗體,試劑,表觀試劑盒在全球范圍內(nèi)銷售,受到眾多世界著名大學課題組老師及醫(yī)藥500強巨頭的認可和喜愛。
公司地址: 上海市嘉定區(qū)嘉定工業(yè)區(qū)永盛路1218號金元大廈908室。
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