肽酶通常被俗稱為蛋白酶和蛋白水解酶。

肽酶是一種能夠水解肽鏈的酶。他們是所有生物存活所必需的一種酶，而且在所有蛋白質的編碼中，編碼肽酶的基因占了2％。在對500個人的肽酶的調查中發(fā)現(xiàn)，有14％的的肽酶可以作為藥物的靶點（Southan，2001）。肽酶在許多生物過程中扮演重要的角色，包括消化食物蛋白、胞內蛋白循環(huán)、凝血級聯(lián)系統(tǒng)、抗原提呈作用及活化各種蛋白質，包括酶、肽類激素及神經遞質等。

許多工業(yè)化使用的肽酶都是混合酶，純化的肽酶用量較少。 肽酶最早用于奶酪的制作，后來早期用于果汁凝乳（根據荷馬史詩“伊利亞特”中的記載，使用過無花果汁，包含F(xiàn)icain酶c01.006）和“凝乳酶”，動物胃中含有凝乳酶（a01.006）。肽酶也可用來嫩化肉類，澄清啤酒，提高奶酪和寵物食品的風味。 在皮革工業(yè)中主要用于要去除的毛發(fā)，使皮革更柔軟（“軟化” 和“浸泡”皮革工藝）；然而，許多這些專有產品的序列和有機物的來源都不是公開的。肽酶也廣泛使用于清潔材料中，如生物洗滌粉和鏡頭清潔液。除了作為藥物的靶點外，肽酶可以幫助消除胃腸道寄生蟲（Anthelminthics）、幫助燒傷患者去除死皮（清創(chuàng)）、測定血團及通過消化軟骨以緩解背痛、制療椎間盤突出（化學溶核術Chemonucleolysis）等。 肽酶在實驗室也被廣泛用作抑制蛋白試劑，并制造多肽所需的蛋白序列。更近期的實驗使用肽酶的抑制特異性處理重組融合蛋白