Cy3-dCTP可用于通過Taq聚合酶進行PCR，通過DNAse I / DNA聚合酶I進行Nick Translation，cDNA標(biāo)記和3'末端標(biāo)記直接酶標(biāo)記DNA/cDNA。Cy3-dCTP可替代反應(yīng)中的CTP，作為T4和Taq DNA聚合酶、大腸桿菌DNA聚合酶（全酶和Klenow片段）、逆轉(zhuǎn)錄酶（來自AMV和M-MuLV）和末端轉(zhuǎn)移酶的底物。合成的染料標(biāo)記的DNA/cDNA探針可用于通過原位雜交，微陣列或印跡技術(shù)鑒定特定序列。 Cy3-dCTP也可用于多色熒光標(biāo)記。是一種由熒光標(biāo)記的核苷酸直接標(biāo)記的 DNA 探針。也是氰染料標(biāo)記的三磷酸核苷酸。Cy3-dCTP 可用于成像研究。