用作醫(yī)藥、農(nóng)藥中間體、生化試劑、有機(jī)合成試劑。三氟乙酸用于合成含氟化合物、殺蟲劑和染料。是酯化反應(yīng)和縮合反應(yīng)的催化劑；羥基和氨基的保護(hù)劑，用于糖和多肽的合成。還用作選礦劑。用于有機(jī)合成。 [2] 

三氟乙酸是一種重要的脂肪含氟中間體，由于含有三氟甲基的特殊結(jié)構(gòu)，因此使其性質(zhì)不同于其他醇類，可以參與多種有機(jī)合成反應(yīng)，尤其用于合成含氟的醫(yī)藥、農(nóng)藥和染料等領(lǐng)域，國內(nèi)外需求量越來越大，已成為含氟精細(xì)化學(xué)品的重要的中間體之一。 [2] 

主要用于新型農(nóng)藥、醫(yī)藥和染料等的生產(chǎn)，在材料、溶劑等領(lǐng)域也有較大的應(yīng)用開發(fā)潛力。三氟乙酸主要用于合成多種含三氟甲基和雜環(huán)的除草劑，可以合成多種帶有吡啶基、喹啉基的新型除草劑；作為極強(qiáng)的質(zhì)子酸，它廣泛用于芳香族化合物烷基化、?；⑾N聚合等反應(yīng)的催化劑；作為溶劑，三氟乙酸是氟化、硝化及鹵代反應(yīng)的優(yōu)良溶劑，特別是其衍生物三氟乙?；鶎αu基和氨基的優(yōu)良保護(hù)作用，在氨基酸和多肽化合物合成方面有著非常重要的應(yīng)用,用于多肽合成中除去氨基酸的叔丁氧羰基（t-boc）保護(hù)基；三氟乙酸作為制備離子膜的原料和改性劑，可大幅提高燒堿工業(yè)電流效率，延長膜的使用壽命；三氟乙酸還可合成三氟乙醇、三氟乙醛和三氟乙酐。室溫下三氟乙酸汞使氟苯起汞化反應(yīng)（親電取代），也可將腙轉(zhuǎn)化為重氮化合物。此酸的鉛鹽可將芳烴轉(zhuǎn)化為酚。 [2] 

可部分溶解二硫化碳和六碳以上烷烴，是蛋白質(zhì)和聚酯的優(yōu)良溶劑。它也是有機(jī)反應(yīng)的優(yōu)良溶劑，可獲得在一般溶劑中難以獲得的結(jié)果，例如喹啉在一般溶劑中催化氫化時，吡啶環(huán)優(yōu)先氫化，但在三氟乙酸中苯環(huán)優(yōu)先氫化。三氟乙酸在苯胺存在下分解成氟仿和二氧化碳。 [2] 

在HPLC中的應(yīng)用：

在反相色譜分離多肽和蛋白質(zhì)的實(shí)驗(yàn)中，使用三氟乙酸 （TFA） 作為離子對試劑是常見的手段。流動相中的三氟乙酸通過與疏水鍵合相和殘留的極性表面以多種模式相互作用，來改善峰形、克服峰展寬和拖尾問題。三氟乙酸與多肽上的正電荷及極性基團(tuán)相結(jié)合以減少極性保留，并把多肽帶回到疏水的反相表面。以同樣的方式，三氟乙酸屏蔽了固定相上殘留的極性表面。三氟乙酸的行為可以理解為它滯留在反相固定相的表面，同時與多肽及柱床作用。 [2] 

三氟乙酸優(yōu)于其他離子修飾劑的原因是它容易揮發(fā)，可以方便地從制備樣品中除去。另一方面，三氟乙酸的紫外吸收峰低于200nm ，對多肽在低波長處的檢測干擾很小。 [2] 

改變?nèi)宜岬臐舛?，可以?xì)微地調(diào)整多肽在反相色譜上的選擇性。這一影響對于優(yōu)化分離條件、增大復(fù)雜色譜分析（如多肽的指紋圖譜）的信息量是非常有益的。 [2] 

三氟乙酸添加在流動相中的濃度一般為 0.1% ，在這個濃度下，大部分的反相色譜柱都可以產(chǎn)生良好的峰形，當(dāng)三氟乙酸濃度大大低于這個水平時，峰的展寬和拖尾就變得十分明顯。 [2] 

三氟乙酸在分離蛋白等大分子的時候效果很好，在實(shí)際使用中，大家對于三氟乙酸的濃度都很難控制好，因?yàn)樗菗]發(fā)性的物質(zhì)，如果配置時間長了，就會揮發(fā)一些，改變了濃度。配制好以后一定要封閉好，防止揮發(fā)。 [2] 

1.3,3,3-三氟丙烯經(jīng)高錳酸鉀氧化得到。

2.乙酸（或乙酰氯與乙酸酐）與氫氟酸、氟化鈉等發(fā)生電化學(xué)氟化，然后水解得到。

3.1,1,1-三氟-2,3,3-三氯丙烯被高錳酸鉀氧化得到。此原料可通過六氯丙烯的Swarts氟化制取。

4.以2,3-二氯六氟-2-丁烯氧化制取。

5.由三氯乙腈與氟化氫反應(yīng)生成三氟乙腈，進(jìn)而水解得到。

6.由三氟甲苯經(jīng)氧化而得。 [2] 

7.以2，3-二氯六氟-2-丁烯氧化制取；

8.以氟為催化劑對2，3－二氯六氟-2-丁烯進(jìn)行氧化以制取之；

9.由3，3，3-三氟丙烯經(jīng)高錳酸鉀氧化、或由三氯乙腈與氟化氫反應(yīng)生成三氟乙腈繼而水解、或?qū)⒁宜幔ɑ蛞宜狒┻M(jìn)行電化學(xué)氟化，都可制得三氟乙酸。