花青染料通常表現出非常大的摩爾吸收率（約150000至300000M-1 cm-1）以及適度的量子產率，從而產生極其明亮的熒光信號。事實證明，花青在許多領域都非常有用，包括生物成像、細胞學、熒光技術和分析化學等，對于某些生物學應用，花青可以有利地替代其他常規(guī)染料，它們也可以應用在各種生物學。
常見的花青染料
花青染料中常使用的是發(fā)黃綠色熒光的Cy3(Ex:550nm,Em:570nm)和發(fā)紅色熒光的Cy5(Ex:650nm,Em:670nm)。由于它們具有少量光譜重疊，Cy3和Cy5通常組合為2色檢測。Cy3可通過各種熒光儀、成像儀器和具有TRITC標準濾波片的顯微鏡來檢測。由于Cy5消光系數高，它已成為遠紅色熒光染料的流行替代品。
圖為Cy3(左)、Cy5(中)、Cy7(右)的激發(fā)和發(fā)射光譜
表一.花青染料的光譜特性
磺化與非磺化花青染料
磺化與非磺化花青染料具有非常相似的熒光特性，在許多應用中可以互換使用。它們之間的差異主要在于溶解度。磺化的為水溶性，非磺化的則為脂溶性。
表2.磺化與非磺化花青的比較
